Bước 1: Tổ chức, cá nhân có nhu cầu được cấp phù hiệu kiểm soát cho xe ô tô mang biển số khu kinh tế - thương mại đặc biệt, khu kinh tế cửa khẩu quốc tế theo quy định của Chính phủ vào hoạt động trong nội địa nộp hồ sơ tại cơ quan Phòng Cảnh sát giao thông Công an tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương vào giờ hành chính các ngày làm việc trong tuần. 

Bước 2: Cán bộ tiếp nhận kiểm tra hồ sơ. Nếu hồ sơ hợp lệ và đủ thành phần thì thụ lý giải quyết và cấp Phiếu nhận hồ sơ; nếu hồ sơ không hợp lệ hoặc thiếu thành phần thì trả lại và hướng dẫn bổ sung hoàn chỉnh.

Bước 3: Căn cứ theo ngày hẹn trên Phiếu nhận hồ sơ, tổ chức, cá nhân đến nơi nộp hồ sơ để nhận kết quả phù hiệu kiểm soát cho xe ô tô mang biển số khu kinh tế - thương mại đặc biệt, khu kinh tế cửa khẩu quốc tế theo quy định của Chính phủ vào hoạt động trong nội địa.